Sezona u kojoj je Bajern osvojio Bundesligu, Kup Njemačke i Ligu prvaka ostat će zlatnim slovima upisana u historiju minhenskog kluba.

Ipak, početak sezone nije obećavao tako uspješne rezultate i trofeje. Bajern se u oktobru suočio s krizom rezultata.

U 7. kolu na svojoj "Alijanc areni" Bavarce je savladao Hofenhajm (1:2). 

U narednom kolu Bajern je sa gostovanja Augsburgu odnio samo bod, a alarm za uzbunu upalio se 2. novembra prošle godine. 

Pod vodstvom Nike Kovača Bavarci su 2. novembra blagorečeno poniženi u Frankfurtu. Ajntraht je slavio sa 5:1. 

Tomas Miler (Thomas Müller) je etiketiran kao bivši igrač, Manuelu Nojeru (Neuer) je zaprijećeno da će na kraju sezone prepustiti mjesto među stativama novajliji Aleksanderu Nibelu (Alexander Nübel) iz Šalkea, Alkantara i Alaba nisu prihvatili ponude za nove ugovore,...

Sve to je unijelo nemir u svlačionicu Bajerna i postavilo veliki znak pitanja ispred uvijek visokih ambicija minhenskog giganta.

Skupocjena pojačanja Lukas (Lucas) Hernandez i Bendžamin Pavar (Pavard) sporo su uklapala.

Kao prelazno rješenje do imenovanja novog trenera na klupu Bajerna sjeo je Hans Diter Flik (Hans-Dieter Flick). 

Špekulisalo se tada da će ga zamijeniti neko od velikih trenerskih imena, poput Masimilijana Alegrija (Massimiliano Allegri), Ralfa Ragnika (Ragnick) ili Žozea Murinja (Jose Mourinho).

Ali, Flik je ostao na kormilu Bavaraca i doveo ih do trofeja.

Bajern je pod vodstvom Flika počeo stvarati značajno više prilika, upućivati više udaraca prema golu i na kraju nije mogao prestati pobjeđivati.

Postali su prva ekipa koja je s maksimalnim učinkom osvojila Ligu prvaka (11 pobjeda u isto toliko odigranih utakmica).

Bundesligu su završili sa 82 boda, 13 više od drugoplasirane Borusije Dortmund, a u finalu Kupa Njemačke su sa 4:2 savladali Bajer Leverkuzen.